Pokémon Entwickeln
Wie auch in Mystery Dungeon 1 musste man die Haupstory abschließen um seine Pokémon zu entwickeln. Die Hauptstory besteht aus
20 Kapiteln und endet dann, wenn man Schatten-Dialga auf der Zeitturmspitze besiegt hat. Anschließend müsst ihr die "Gildenabschlussprüfung" bestehen. Nachdem ihr mit
Teddiursa und
Ursaring, welche ihr in Schatzstadt trefft, geredet habt, müsst ihr den Verwirrwald meistern, welcher 13 Ebenen hat. Doch das ist noch nicht alles. Nach der letzten Etage tappt ihr in eine Grubenfalle, wo ihr dem "Großmeister allen Übels" und seinen Ergebenen begegnet. Es handelt sich dabei um die Gildenmitglieder
Sonnflora,
Digda,
Palimpalim,
Glibunkel,
Digdri und
Krebscorps. Neben den Gildenmitgliedern musst du außerdem gegen
Plaudagei, die rechte Hand des Gildenmeisters und gegen
Knuddeluff, den Gildenmeister höchstpersönlich kämpfen, welcher sich hier als Großmeister allen Übels ausgibt. Nachdem du sie besiegt hast, gelangst du an einen Ort, welcher sich Glitzerhöle nennt und es dir ermöglicht deine Pokémonmitglieder zu entwickeln. Teddiursa wird sich dort zuerst entwicklen lassen, wenn ihr es aber probiert, klappt es nicht, das hat etwas mit der Verkrümmung des Raumes zu tun. Ab hier könnt ihr schonmal normale Pokémon entwicklen. Mit normalen Pokémon sind die gemeint die eurem Team beigetreten sind.

Später in der Nachstory musst du gegen Darkrai kämpfen. Danach musst du ein paar Missionen von den Infobrettern machen bis Manaphy zurückkommt und sich deinem Team anschließt, dann machst du wieder ein paar Missionen von den Infobrettern und Manaphy besucht dich, um dir von der Meereszuflucht zu erzählen. Ab diesem Zeitpunkt kannst du auch deine Anfangspokemon entwickeln, falls du Dialga und Palkia schon hast. Dialga und Palkia müssen sich nämlich deinem Team anschließen, damit sich deine Startpokemon weiterentwickeln können. Beide bekommst du, wenn du das zweite Mal gegen sie gewinnst. Um wieder in den Zeitturm zu kommen, muss man am Strand Lapras ansprechen und durch das Verborgene Land reisen. In die Raumspalte kann man wieder hinein, nachdem man Darkrai und seine Verbündeten besiegt hat.